Su curso Nace en el término de Villaverde de Trucios (Cantabria), en las faldas del monte Burgueño. Discurre a continuación por la provincia de Vizcaya, donde se le conoce como río Mayor. Cuando llega a la localidad de nuevo cántabra de Agüera (Guriezo), en el límite con Vizcaya, recibe el nombre de río Agüera, con el que se le denomina hasta su desembocadura.